Projekto metu nustatyta, kad Lietuvoje 63 proc. upių ir 64 proc. ežerų ir visi tarpiniai vandenys (Kuršių marios ir Baltijos jūros priekrantė) neatitinka geros ekologinės būklės kriterijų. Tai lemia didėjanti pasklidoji tarša, daugiausia dėl žemės ūkio veiklos. Pasiekti gerą ekologinę būklę trukdo užtvankų ir melioracijos sistemų sukelti hidromorfologiniai pokyčiai bei sutelktoji tarša (nuotekos). Įtakos turi ir gamtiniai procesai, besikeičiančios klimatinės sąlygos.
Bendra Lietuvos Baltijos jūros aplinkos būklė nesiekia geros pagal 9 kokybinius rodiklius: eutrofikacijos, komerciniams tikslams naudojamų žuvų, mitybos grandinių tarp skirtingų organizmų, pavojingų medžiagų koncentracijos jūroje ir maistui vartojamuose produktuose, biologinės įvairovės, nevietinių rūšių, jūros dugno vientisumo, šiukšlių jūrinėje aplinkoje.
Aplinkos apsaugos agentūra kartu su partneriais – Aplinkos apsaugos politikos centro ekspertais, Gamtos tyrimų centro ir Klaipėdos universiteto mokslininkais, atnaujino ir papildė paviršinių vandens telkinių būklės vertinimo sistemą, atliko paviršinių vandens telkinių būklės vertinimą, įvertino hidromorfologinių vandens telkinių charakteristikų pakeitimų poveikį paviršiniams vandens telkiniams, nustatė geros būklės neatitikimo priežastis ežerų ir tvenkinių, tarpinių, priekrantės ir upių kategorijos vandens telkiniuose, atliko vandens naudojimo ir sąnaudų susigrąžinimo ekonominę analizę, įvertino taikytų priemonių vandens telkinių būklei gerinti poveikį ir nustatė paviršinių vandens telkinių vandensaugos tikslus.
Atsižvelgiant į Jūrų strategijos pagrindų direktyvos (JSPD) II-ojo etapo metu atnaujintą Baltijos jūros rajono aplinkos būklės ir žmogaus veiklos poveikio jų aplinkai įvertinimą, geros aplinkos būklės savybes ir atnaujintus aplinkos apsaugos tikslus ir susijusius rodiklius, esamų priemonių įvertinimą ir nustatytus trūkumus, trukdančius siekti jūros aplinkos apsaugos tikslų ir geros aplinkos būklės, parengta atnaujinta priemonių Baltijos jūros aplinkos būklei pagerinti programa. Projekto rezultatų pagrindu buvo parengtos ir pateiktos ataskaitos Europos Komisijai: tretieji Nemuno, Lielupės, Ventos ir Dauguvos upių baseinų rajonų valdymo planai pagal Bendrosios vandens politikos direktyvos (BVPD) reikalavimus ir atnaujinta priemonių gerai Baltijos jūros aplinkos būklei pasiekti ir (ar) išlaikyti programa pagal JSPD reikalavimus.
Įgyvendinant projektą gauta svarbi mokslinė ir ekspertinė informacija padėjo tobulinti vandens telkinių būklės vertinimo sistemą, nustatyti poveikius ir geros būklės neatitikimo priežastis, nustatyti paviršinių vandens telkinių vandensaugos tikslus ir parengti atnaujintą priemonių gerai Baltijos jūros aplinkos būklei pasiekti ir (ar) išlaikyti programą. Atnaujintų upių baseinų rajonų valdymo planų bei priemonių programų ir atnaujintos priemonių gerai Baltijos jūros aplinkos būklei pasiekti ir (ar) išlaikyti programos įgyvendinimas leis pagerinti paviršinių vandens telkinių būklę. Švaresni paviršiniai vandens telkiniai sudarys palankesnes sąlygas turizmo ir rekreacijos vystymui, sukurs sveikesnę žmogaus gyvenamąją aplinką, padės išsaugoti biologinę įvairovę.
Projektas „Dokumentų, reikalingų parengti trečiuosius Nemuno, Lielupės, Ventos ir Dauguvos upių baseinų rajonų valdymo planus / priemonių programas ir antrąją priemonių programą gerai Baltijos jūros būklei pasiekti, įsigijimas". Projektas įgyvendinamas Europos Sąjungos struktūrinių fondų lėšomis pagal 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 5 prioriteto „Aplinkosauga, gamtos išteklių darnus naudojimas ir prisitaikymas prie klimato kaitos" 05.3.1-APVA-V-001 priemonę „Vandens išteklių valdymas ir apsauga".
Projektas buvo skirtas įgyvendinti Bendrosios vandens politikos direktyvos (2000/60/EB) (BVPD), Jūrų strategijos pagrindų direktyvos 2008/56/EB (JSPD) ir atitinkamų susijusių Lietuvos teisės aktuose reikalavimus dėl paviršinių vandens telkinių valdymo siekiant geros jų būklės.
AAA informacija